Nema ni veze da li je sadrzaj, odnosno url prozora koji otvaras sa istog ili drugog domena, problem je nesto drugo.
Ako, na primer, napravis HTML stranu i na nju stavis jedno dugme i kada korisnik klikne na to dugme, pozoves funkciju za otvaranje novog prozora, prozor ce da se otvori kako treba. Ali, ako istu tu funkciju pozoves na window onload, svaki normalan popup bloker ce spreciti otvaranje takvog prozora. Razlika je jednostavno u tome, sto je u prvom slucaju, korisnik taj koji je otvorio prozor svojom voljom (time sto je pritisnuo dugme), a u drugom slucaju, prozor se otvara bez zelje i znanja korisnika, sto popup blokeri upravo treba da sprece.
Mislim da bi ipak trebao da promenis koncepciju i izbegnes otvaranje popup-a na sajtu, a da prikaz tog sadrzaja resis na neki drugi nacin.
Never trust an operating system you don't have sources for.