Ako taj deo mozes da implementiras u javi onda u klase, u tom slucaju najbolji je nekakav factory patern, znaci definises interface koji hoces da koristis, a onda implementiras taj interface za svaki sistem. I napravis factory klasu koja ima neki metod getInstance(), taj metod procita propertije i sazna tip operativnog sistema. i onda propustis neki if/else i instanciras pravu klasu.
Druga varijanta je da ako ne mozes da koristis tako, onda moras preko JNI da pises u C/C++ da pozivas neke native funkcije. mada i u tom slucaju postoji alternativa da se to opet uradi u javi doduse malo je sporiji kod takav nego jni ali opet sve si u javi uradio (
https://jna.dev.java.net/)