Pretpostavljam da je na tvojoj masini PHP malo "zaglupljen" pa ne moze da "provali" krajeve linija, ili je bagovit PHP koji (zbog linijskog baferovanja STD IN/OUT-a) "pokupi" samo prvu liniju .
Pokusaj da iskoristis "auto_detect_line_endings" (nadji u manualu dokumentaciju za tu promenljivu) run-time varijablu.
U php.ini stavi: auto_detect_line_endings = On
Dejan Lekic
software engineer, MySQL/PgSQL DBA, sysadmin