Nisam imao ovakvu kombinaciju, ali pretpostv\avljam da je potrebno sledece:
1) podesiti mssql da slusa na nekom portu (verovatno ima neki standardan TCP port na kome moze da "slusa" mssql server. Podesiti da moze da se kaci sa IP adrese linuxa
2) u parametrima konekcije u php skriptu (na linux masini) podesiti IP adresu mssql servera i kaciti se sa odgovarajucim username i password.
Javi sta si uradio.
Kad sve ostalo zakaže, pročitaj uputstvo...